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Porträt Dr. Schulz, Henrik; FWCI

Photo: HZDR / Oliver Killig

Dr. Henrik Schulz

Lei­ter IT Infra­struk­tur
h.schulzAthzdr.de
Tel.: +49 351 260 3268
+49 175 7015822

Hochleistungsrechnen am HZDR

Das Hochleistungsrechnen (HPC, High Performance Computing) ist eine der Kernaufgaben der Abteilung IT-Infrastruktur. Um Nutzern des HZDR die Möglichkeit zu geben, große Berechnungsaufgaben in den Bereichen Simulation und Datenauswertung durchführen zu können, wird ein zentrales Linux-Cluster betrieben.

Linux-Cluster

Eine Übersicht der Knoten und Queues/Partitionen der Cluster gibt Aufschluss über die nutzbaren Gruppen von Knoten. Das Tutorial erklärt einige Grundlagen zur Nutzung. Einige Job-Skript Beispiele für Standard-Anwendungen können für das HPC-Cluster hemera verwendet werden. Im InfoHub befindet sich eine umfangreiche Dokumentation zu hemera und dessen Nutzung.

HPC-Cluster Hypnos at HZDR

hemera

Am 14.09.2018 ging das HPC-Cluster hemera in Betrieb. Derzeit enthält es 241 CPU-Rechenknoten (98 Knoten mit je 40 Intel Xeon Gold Kernen und 28 Knoten mit je 128 AMD Rome Kernen sowie insgesamt 115 weitere Knoten mit Intel-CPUs älteren Typs). Darüberhinaus enthält hemera 350 Nvidia GPUs der Generationen k20, k80, P100, V100 und A100.

Die Vernetzung des hemera-Clusters wird primär mittels eines EDR-InfiniBands (100 Gbit/s) mit 2 Ports pro Knoten realisert. Als Betriebssystem wird CentOS Linux eingesetzt.

Die Auslastung des Clusters kann mittels des Ganglia Web Portals betrachtet werden.

Interaktive Dienste

Um die Nutzung der vorhandenen HPC-Ressourcen einem breiteren Spektrum von Anwendungen anzubieten, werden interaktive Dienste etabliert, die eine Clusternutzung per Webbrowser ermöglichen.

Jupyter Notebook

Eine interaktive Datenauswertung mit python kann mittels Jupyter Notebook komfortabel erfolgen. Hierbei können einzelne Datenauswertungsvorgänge protokolliert, gespeichert und zu späterer Zeit fortgesetzt werden. Auch als Alternative zu Matlab ist dieses Tool geeignet.

Um Jupyter Notebooks ausführen zu können, benötigen Sie einen HPC-Zugang. Dieser kann per E-Mail an cluster-admin@hzdr.de beantragt werden.

Speicherplatz für Daten

Daten können auf allen Fileservern des HZDR abgelegt sein und sind an den Login-Nodes der HPC-Cluster verfügbar. Daten, die von Jobs verarbeitet oder erzeugt werden sollen, müssen im Home-Verzeichnis des Nutzers oder in einem Projektverzeichnis unter /bigdata abgelegt werden. Projektverzeichnisse werden auf Antrag erstellt.


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